PRACOWNIA BIOFIZYKI KOMÓRKI
Kierownik: Jakub Włodarczyk
Stopnie naukowe
2014 Habilitacja, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, PAN
2006 Doktorat, Instytut Fizyki Doświadczalnej, UW
2001 Magister; Instytut Fizyki Doświadczalnej, UW
Research Trainnings
2008 staż krótkoterminowy, Centre Medical Universitaire, Geneva
2006-08 staż podoktorski: Max Planck Institute, Goettingen
Professional Employments
2014- profesor nadzwyczajny; Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, PAN
2012- kierownik Pracowni, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, PAN
2008-12 adiunkt, Pracownia Neurobiologii, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, PAN
2006-08 staż podoktorski, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry
2001-06 studia doktorancki; Instytut Fizyki Doświadczalnej, Uniwersytet Warszawski
Honors and Fellowships
2015 wyróżnienie w konkursie o nagrodę im. Konorskiego za pracę Stawarski et al., Biomaterials 2014
2015 nagroda zespołowa Wydziału II Polskiej Akademii Nauk
2013- członek Network of European Neuroscience Institute (ENI NET)
2006-08 stypendium prof. E. Nehera, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry
2008 stypendium EMBO Short Term Fellowship
Zespół: Svitlana Antoniuk (doktorantka), Anna Bartkowiak-Kaczmarek (doktorantka), Ewa Bączyńska (doktorantka), Krystian Bijata (doktorant), Monika Bijata, Izabela Figiel-Ożóg, Joanna Kielan, Adam Krzystyniak, Marta Magnowska (doktorantka), Matylda Roszkowska (doktorantka), Monika Zaręba-Kozioł
Profil badań:
Procesy takie jak uczenie się i pamięć wymagają funkcjonalnej reorganizacji sieci neuronowych poprzez zmiany zachodzące w architekturze istniejących synaps. W Pracowni Biofizyki Komórki badamy strukturalną i funkcjonalną plastyczność synaptyczną regulowaną przez potranslacyjne modyfikacje białek, takie jak proteoliza receptorów dla składników macierzy zewnątrzkomórkowej czy S-nitrozylacja i S-palmitoilacja tj. dołączenie tlenku azotu lub palmitynianu, który odwracalnie modyfikuje liczne klasy białek synaptycznych. Koncentrujemy się na tzw. zaburzonej plastyczności synaptycznej zachodzącej w chorobach związanych ze stresem, do których należy depresja. W naszych badaniach tworzymy i wykorzystujemy nowe techniki obrazowania i analizy obrazu oraz metody bazujące na spektrometrii mas.
Aktualna działalność badawcza:
- Rola proteolizy β-DG w zaburzonej plastyczności synaptycznej w mysim modelu depresji
- Rola współgry pomiędzy wybranymi modyfikacjami potranslacyjnymi w plastyczności synaptycznej w mysim modelu depresji
- Wpływ ketaminy na plastyczność synaptyczną
- Rola receptorów serotoninowych w plastyczności synaptycznej
- Nowe metody obrazowania i detekcji modyfikacji potranslaycjnych białek synaptycznych
Wybrane publikacje:
Bijata M., Labus J., Guseva D., Stawarski M., Butzlaff M., Dzwonek J., Schneeberg J., Böhm K., Michaluk P., Rusakov D., Dityatev A., Wilczyński G., Wlodarczyk J.*, Ponimaskin E.*, (2017) Synaptic Remodeling Depends on Signaling between Serotonin Receptors and the Extracellular Matrix. Cell Reports 19(9): 1767-1782 *- autor korespondujący
Basu S., Plewczyński S., Saha S., Roszkowska M., Magnowska M., Bączyńska E., Włodarczyk J. (2016) 2dSpAn: semiautomated 2-d segmentation, classification and analysis of hippocampal dendritic spine plasticity. Bioinformatics 32(16) 2490-8
Tang Z., Junhong Luo O., Li X., Zheng M., Jufen Zhu J., Szalaj, Pawel Trzaskoma P., Magalska A., Włodarczyk J., Ruszczycki B., Michalski P., Piecuch E., Wang P., Wang D., Zhongyuan Tian S., Penrad-Mobayed M., M Sachs L., Ruan X., Wei C., T Liu E., Wilczynski G., Plewczynski D., Li G., Ruan Y. (2015) CTCF-mediated human 3D genome architecture reveals chromatin topology for transcription. Cell 163 (7) 1611-1627
Bijata M., Włodarczyk J., Figiel I. (2015) Dystroglycan controls dendritic morphogenesis of hippocampal neurons in vitro. Frontiers in Cellular Neuroscience 9: 199
Stawarski M., Rutkowska-Wlodarczyk I., Zeug A., Bijata M., Madej H., Kaczmarek L., Wlodarczyk J. (2014) Genetically encoded FRET-based biosensor for imaging MMP-9 activity. Biomaterials 35: 1402-1410
